1911年には、小学校の歴史教科書に鎌倉幕府滅亡後の時代を「南北朝時代」とする記述があった点が、南朝と北朝を対等に扱っているとして帝国議会で問題とされた（南北朝正閏論）。文部省の喜田貞吉は責任を取って休職処分にされた。これ以後の教科書では、文部省は後醍醐天皇から南北朝合一までの時代を「吉野朝時代」と記述するようになった。
現実の天皇家は北朝の流れであり、北朝の天皇の祭祀も行っていた。しかし、足利尊氏を逆臣とする水戸学では、南朝を正統と唱えていた。又、幕末の尊王論に影響を与えた儒学者頼山陽は、後小松天皇は後亀山天皇からの禅譲を受けた天皇であり、南朝正統論と現皇室の間に矛盾はないと論じた。南北朝正閏論争以降、宮内省も南朝が正統であるという見解を取った。
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日本国憲法が施行されて思想・信条の自由が保障され、戦前に弾圧されたマルクス主義の唯物史観が復活して興隆した。これにより、皇国史観ではタブー視されていた古代史や考古学の研究が大いに進展した。又、「古代」「中世」「近代」「現代」といった名称も用いられるようになった。これら戦後の歴史学は一般的に「戦後史学」と呼ばれ、こうした戦後民主主義の流れが発達する中で、皇国史観は衰退した。
しかし、戦後になっても；文部省検定の歴史教科書が、元号による時代区分を続けていたり；小中学生向けの日本史学習漫画が、元号による時代区分と「天皇の御心」的な記述を記載したりするなど；戦前の皇国史観に則った発想が完全に払拭されたとは言い難い。